Misión: imposible (1996, 2000, 2006 y 2011). El agente Ethan Hunt fue el primero de los personajes de Cruise en descolgarse por lugares inverosímiles y acabar con todos los malos con un leve toque de gatillo sin apenas despeinarse. La saga, basada en una famosa serie de televisión, y que ya va por cuatro películas (la última, Protocolo fantasma, la más taquillera) se ha convertido en un clásico y ha dotado al actor de una imagen con la que soltarse esa imagen de guaperas que se labró con películas como Nacido el 4 de julio, Top Gun o Algunos hombres buenos.
Minority Report (2002). Esta vez el agente John Anderton es el capitán de una organización destinada a predecir los crímenes y a detener a los responsables antes de que los cometan. Una cinta futurista con conexiones con el Gran Hermano que consolidó el papel de acción.
El último samurai (2003). El capitán Nathan Algren viaja hasta Japón para convertirse en un mercenario que entrenará al ejército nipón, necesitado de nuevas perspectivas bélicas. Pero acabará abrazando los modos de vida de los samurais.
La guerra de los mundos (2005). Tom Cruise no es esta vez un agente pero se comporta como un héroe de acción intentando salvar de la invasión alienígena a su familia en este remake basado en el relato de H.G. Wells.
Valkiria (2008). El coronel Claus Von Stauffenberg se convierte en un agente de la disidencia del régimen nazi para intentar acabar con el mandato de Hitler y, de paso, llevarse por delante al dictador. Una cinta de Bryan Singer en la que Cruise tuvo que valerse de todos sus recursos interpretativos para actuar con un solo ojo.
Noche y día (2010). El agente Roy Miller toma como compañera de aventuras a Cameron Díaz para recorrer medio mundo en busca de una fuente de energía infinita. Uno de los lugares que visitan es España, donde protagonizan una alocada carrera en medio de los Sanfermines (escenas que, curiosamente, fueron rodadas en Sevilla).
Jack Reacher (2012). Cruise interpreta a otro agente secreto que esta vez actúa por su cuenta y que acude a la llamada de un caso del supuesto asesinato de cinco personas a manos de un francotirador.
Oblivion (2013). El astronauta Jack Harper es el encargado de reparar los drones que se llevan el agua que queda en la Tierra después de una batalla contra fuerzas alienígenas que la dejó exhausta. Su objetivo: terminar el trabajo -pistolas de láser mediante- para viajar a Titán, la luna que será el próximo hogar de la humanidad.